Biodiversidade
Flora:
Em 1989, a coleção da Flora da Serra do Cipó da USP contava com cerca de 11.000 espécimes. Entretanto, o conhecimento da ecologia das espécies de plantas é extremamente fragmentário e rudimentar, dificultando estudos de conservação e manejo. Além disso, o conhecimento da flora aquática da Unidade é praticamente inexistente.
O extrativismo predatório de plantas para arranjos florais e ornamentações já foi muito grande no passado, e levou à extinção local de espécies, principalmente das sempre-vivas.


Hidrografia:
No PARNA Serra do Cipó a divisão de águas ocorre entre as bacias do rio São Francisco e do rio Doce. O escoamento das águas superficiais é abundante, originando as cabeceiras dos principais formadores do rio Cipó, que corre para a bacia do rio São Francisco.
No geossistema semi-montanhoso da bacia inter-planáltica do médio rio Cipó as vertentes são dessecadas por escoamento concentrado. Diversos rios de relevância regional têm suas nascentes no Parque Nacional da Serra do Cipó. O relevo acidentado da região propicia a formação de várias cachoeiras, piscinas naturais e corredeiras de grande efeito cênico.
Estudos preliminares (Barbosa et al. 1998) indicam que os corpos d`água da Unidade podem ser utilizados como padrão para estudos de monitoramento de qualidade de águas na região.

Solo:
O entendimento da gênese e dinâmica dos solos da região é outro aspecto raramente tratado, embora sua relevância na ecologia e história natural de toda a vegetação seja amplamente reconhecida.
Apenas estudos detalhados sobre os solos podem fornecer elementos fundamentais para o entendimento da ecologia de flora e fauna da região, bem como para formulação estratégias sólidas de conservação e manejo.